Konzervatoř Evangelické akademie byla založena v roce 1990 z iniciativy hymnologického poradního sboru Českobratrské církve evangelické. Tento poradní sbor tvořil již v době totality pevný pracovní tým a pod vedením manželů Horkých, pozdějších zakladatelů školy, se soustředil na obnovu vzácné tradice církevní hudby studiem starých husitských a bratrských kancionálů i písňové tvorby široké zahraniční ekumeny. Právě z této iniciativy se v době sametové revoluce zrodila myšlenka založení konzervatoře, která by jako jediná v té době navázala na přerušenou kontinuitu vývoje církevní hudební tradice v naší zemi.

Výuka na konzervatoři byla zahájena 1. září roku 1991.

Aktuálně

Významným mezníkem v historii školy se stalo její přemístění do krajského města Olomouc. Vedle nově rekonstruované raně barokní stavby, která je současně významnou kulturní památkou, nabízí škola svým posluchačům takové studijní možnosti, které významně zvyšují jejich šance na další uplatnění v uměleckém životě.

Výuka školy v překrásných prostorách bývalé kanovnické rezidence na Wurmově ulici č. 13 v Olomouci byla slavnostně zahájena 1. září 2008.